Im Jahr 1891 begann die Kongregation der Schwestern von der hl. Elisabeth in Halle mit der Ausübung der ambulanten Krankenpflege. Nachdem 1894 das St. Elisabeth-Haus auf der Südseite der Mauerstraße, in der Nähe der Franckeschen Stiftungen als Pflege- und Betreuungseinrichtung für kranke Kinder aufgebaut wurde, begann sie 1896/97 mit dem Bau eines großen Krankenhauses für 80 bis 100 Patienten.
Der Neubau wurde am 8. September 1897 feierlich eingeweiht. „Der gefällige Bau liegt freundlich versteckt hinter dem Grün der von der Stadt schon seit längerer Zeit in bester Weise gepflegten Promenadenanlagen. Die innere Einrichtung ist solide und vornehm. Für Licht und Luft sorgen in ausgiebigster Weise breite Korridore, große Fenster, hohe Räume, gute Ventilation“, heißt es in einem zeitgenössischen Bericht. Schon 1903 genügte das St. Elisabeth-Krankenhaus den wachsenden Anforderungen nicht mehr, so dass es durch einen Anbau (Westflügel) vergrößert werden musste.
Für die Kinder erwarb man 1904 ein Grundstück und ein Gebäude in der Barbarastraße und baute dieses zum Kinderkrankenhaus, 1925 benannt in St. Barbara- Krankenhaus, um. Von diesem Zeitpunkt an unterhielten die Schwestern in Halle zwei Krankenhäuser mit unterschiedlichen Aufgaben. Nachdem 1925/26 auf der Innenseite des Grundstückes an der Mauerstraße ein Haus für die Ordensschwestern durch den Architekten Paul Fischer (Halle) in neobarockem Stil errichtet worden war, entstand nach Entwürfen von Fischer ein großer Neubau des Krankenhauses entlang der Mauerstraße, der 1928 in Betrieb genommen wurde. Dieser Neubau bildet, dank der Entwürfe des Architekten, mit dem bestehenden alten Haus ein einheitliches Krankenhausgebäude.
Nach dem 2. Weltkrieg, vor allem ab Mitte der 70er Jahre, entwickelte sich das St. Elisabeth-Krankenhaus mit nun insgesamt 400 Betten zu einer medizinisch und pflegerisch leistungsfähigen Einrichtung. Durch den Einsatz moderner Medizintechnik und durch ständige kleinere und größere Baumaßnahmen wurden die Voraussetzungen für eine immer bessere Pflege und Betreuung der Patienten und leichtere Arbeitsbedingungen für die Mitarbeiter geschaffen.
Um auch für zukünftige Entwicklungen im stationären Gesundheitswesen offen sein zu können, entschied sich die Trägerin des St. Elisabeth-Krankenhauses gleich nach der politischen Wende 1990 zu einem Krankenhausneubau größeren Umfangs. Hintergrund dieser Maßnahme war die Zusammenlegung der beiden halleschen Krankenhäuser St. Elisabeth und St. Barbara. Im Hinblick auf diese Fusion führt unser Haus seit dem Jahr 2000 seinen Namen: Krankenhaus St. Elisabeth und St. Barbara.
Finanziert aus Landesmitteln, wurde der 1. Bauabschnitt des Neubaus nach dreijähriger Bauzeit am 8.9.1997 eingeweiht. Der Neubau des 2. Bauabschnittes wurde am 4.12.2001 fertig gestellt. Im Neubau befinden sich die Funktionseinrichtungen und Pflegestationen der chirurgischen und medizinischen Kliniken, die Diagnostische Radiologie und Physiotherapie, die Klinik für Frauenheilkunde und Geburtshilfe und die Neonatologie. Der Umbau des Haupthauses zum Kinderzentrum und das Foyer mit der Kapelle St. Elisabeth und St. Barbara wurde am 4.12.2004 fertig gestellt. Im letzten Bauabschnitt entstanden seit dem Jahr 2000 das Kinderzentrum für die Klinik für Kinderchirurgie und Klinik für Kinder- und Jugendmedizin, das Foyer als zentraler Eingangsbereich des Krankenhauses und die Krankenhauskapelle. Im Haus St. Barbara wurden bis Ende 2006 die Räume für die Klinik für Kinder- und Jugendpsychiatrie, Psychosomatik und Psychotherapie sowie für das Sozialpädiatrische Zentrum umgebaut, erweitert und künstlerisch gestaltet.